Muchos años han pasado en el planeta Zi desde la destrucción del Death Saurer y los Zoids ya no son armas de guerra. En lugar de eso ahora existe una organización que regula el nuevo deporte del planeta, las batallas Z. Un muchacho llamado Bith Clode se involucra por accidente con el equipo de guerreros Z del doctor Toros y encuentra que el es la única persona capáz de manejar al único y sumamente poderoso Liger Zero y la historia se desarrollará en torno a como Bith, Liger Zero y el equipo Blitz intentarán alcanzar la categoría S, el máximo título como guerreros zoids en batallas Z.
En general el mundo de zoids: new century zero corre alrededor de los equipos de zoids que luchan para mejorar sus posiciones y el premio en dinero para conseguir mejores piezas para sus zoids. estas batallas son reguladas por la ZOIDS BATTLE COMMISION (ZBC) que envía a los jueces a los campos de batalla registrados para vigilar las peleas. Pero el equipo Backdraft que se dedica a " monopolizar las batallas " porque él dice que las batallas de ZBC están arregladas. Tienen una amplia variedad de zoids y engañan, mienten, y utilizan cada truco sucio que conocen para ganar. El equipo Blitz siempre combatirá a través de la historia con los Backdraft.